На время представления к званию Герой Советского Союза:
штурман 198-го штурмового Волковысского Краснознаменного авиационного полка 223-й штурмовой Ярцевской Краснознаменной авиационной дивизии 4-й воздушной армии 2-го Белорусского фронта, майор.

Родился 2 ноября 1916 года в деревне Михальчиково ныне Кстовского района Нижегородской области в семье крестьянина. Русский. Член ВКП(б)/КПСС с 1942 года. В 1920-х годах с родителями переехал в город Нижний Новгород. В 1929-1932 годах вместе со старшим братом воспитывался в детском доме имени Ансона в городе Горьком. Здесь окончил 7 классов. Затем уехал в город Иваново, окончил Ивановский художественный техникум.

В 1935 году был призван в Красную Армию и по комсомольской путевке направлен в Ворошиловградскую летную школу. В 1937 году он оканчивает ее с отличием, но стать военным летчиком тогда не довелось. В том же году был репрессирован его отец, ответственный работник Ивановского обкома партии. Молодого летчика срочно демобилизуют и он уезжает в город Горький. В местном аэроклубе работал инструктором, здесь и встретил начало Великой Отечественной войны.

В декабре 1941 года его вновь призывают в армию. За первые пять месяцев на Западном фронте Ступишин совершил 24 боевых вылета на легком ночном бомбардировщике По-2. В мае 1942 года освоил штурмовик Ил-2, на котором воевал до последнего дня.

Летчик-штурмовик Ступишин водил группы самолетов на выполнение самых сложных и опасных заданий. Участвовал в сражении на Курской дуге. Воевал под Ржевом, Витебском, Минском, Белостоком. Два раза был ранен и один раз контужен. Прошел путь от рядового летчика до штурмана полка.

К августу 1944 года майор Ступишин совершил 98 боевых вылетов на штурмовку живой силы и боевой техники противника и был представлен к званию Герой советского Союза.

В сентябре 1944 года его направили на учебу в Военно-воздушную академию. Всего к тому времени провел 133 боевых вылета. Но учиться в академии не пришлось - сказалась контузия. Пришлось лечиться по госпиталям, восстанавливать здоровье, что бы не расставаться с авиацией.

Указом Президиума Верховного Совета СССР от 26 октября 1944 года за образцовое выполнение заданий командования и проявленные мужество и героизм в боях с немецко-фашистскими захватчиками майору Ступишину Михаилу Протасовичу присвоено звание Героя Советского Союза с вручением ордена Ленина и медали "Золотая Звезда" (N 4486).

В 1946 году майор Ступишин уволен в запас. Но с авиацией он не расстался, перешел в Гражданский воздушный флот. Два года водил самолеты на международных линиях, летал во Францию, Италию, Швейцарию, Грецию.

В 1948 году он перешел в полярную авиацию. Участвовал во многих высокоширотных экспедициях, летал на дрейфующие станции. В частности в 1954 году обеспечивал на Ан-2 работу станции "Северный полюс-3". За мирный труд был награжден двумя орденами Трудового Красного Знамени.

Участвовал он и в первом сверхдальнем перелете по маршруту Москва-Антарктида-Москва, который проходил с декабря 1961 года по февраль 1962 года. На самолетах Ил-18, в экипаже которого был М.П. Ступишин, и Ан-12 на полярный континент были доставлены участники 7-й Советской Антарктической экспедиции. За этот перелет он был награжден орденом Ленина. В 1963 году он вновь участвовал в сверхдальнем перелете в Антарктиду.

За плечами у Героя Советского Союза М.П. Ступишина почти 4 миллиона километров воздушных дорог, 625 дней в воздухе. С 1966 года Михаил Протасович Ступишин персональный пенсионер союзного значения. Жил в Москве.

Скончался 17 мая 1980 года. Похоронен в Москве на Головинском кладбище.

Награжден двумя орденами Ленина, тремя орденами Красного Знамени, двумя орденами Трудового Красного Знамени, орденом Красной Звезды, медалями.